牛蛙蝌蚪一般很少发病，但当放养密度过大，饲养管理不善时也会发病。常见的病害主要有以下几种：
　　1、车轮虫病：此病发生在密度大、牛蛙蝌蚪生长缓慢的池中。得病蝌蚪常浮水面，全身布满车轮虫，肉眼观看，其尾发白。防治方法是加注新水，减少密度，用硫酸铜和硫酸亚铁合剂(5∶2的比例)对水泼洒，使池水呈1.4毫克/升浓度。
　　2、杯体虫病：此病常在密度大、水质差的七八月份发生。杯体虫寄生在牛蛙蝌蚪尾部，肉眼看去像水霉。防治方法是：
　　①稀养。②用硫酸铜对水遍洒全池，使池水呈0.7毫克/升的浓度。
　　3、气泡病：此病常在水温高、水体含氧高的池中发生。
　　患病蝌蚪肚子鼓胀，仰游水面，肠里充满气体。防治方法是每隔2～3天换一次水；或将蝌蚪用网箱移入清水中暂养，停食2～3天，3天后投喂煮熟的米糠等饲料。
　　4、出血病：此病多发生在长出后肢、前肢将要长出的牛蛙蝌蚪。蝌蚪患此病后腹部或尾部有出血的斑块，肛门周围发红，传染很快，死亡率高。治疗方法是万尾蝌蚪用120万单位的青霉素和100万单位的链霉素溶液浸泡半小时。
　　5、主要敌害：一是黄鳝、蚂蟥、水蜈蚣和凶猛鱼类等，都不同程度地吞食和伤害牛蛙蝌蚪；二是蛙类的成蛙和较大蝌蚪都能吞食小的牛蛙蝌蚪；三是鱼雀，即“钓鱼郎”，其鸟翅膀铜蓝色，嘴长，个体像麻雀，常在黄昏时飞来抢食牛蛙蝌蚪饵料和捕食牛蛙蝌蚪。因此，应采取严密设围、进水过滤、分级饲养，加强巡池和及时驱赶捕除等措施，消除敌害。